Die Organisation Akatsuki strebt die Herrschaft über die Welt an und der erste Schritt hierzu ist es, alle neun Dämonen zu versiegeln, damit ihr Chakra als Waffe eingesetzt werden kann. Der Anführer von Akatsuki, Pain, hieß früher Nagato und wurde von Jiraya ausgebildet. Allerdings zeigte sich, dass der stille Junge über das mächtigste der drei Augen-Jutsu, das Rinnegan, gebietet. Nach der Ausbildung wurde er zum Akatsuki-Anführer Pain, und es gelang ihm, sich sechs verschiedener Körper zu bemächtigen, in denen er gleichzeitig lebt, sowie das Regen-Dorf zu erobern. Durch sein Können ist Akatsuki in der Lage, mit Hilfe der neunfachen Drachen Illusion-Technik, die Dämonen aus den Körpern der Jinchuriki herauszuziehen. Itachi Uchiha  ist Sasukes älterer Bruder und schloss die Ninja-Akademie bereits mit sieben Jahren ab, wurde mit zehn Jahren zum Chūnin befördert und mit 13 Jahren Gruppenführer eines ANBU-Teams. Mit Ausnahme seines kleinen Bruders hat er zusammen mit dem Clangründer Madara Uchiha den gesamten Uchiha-Clan ausgelöscht. Ebenso wie Sasuke und Tobi besitzt er das Sharingan, mit dem er die Technik eines Gegners durchschauen und kopieren kann. Außerdem beherrscht er das Mangekyō Sharingan, welches mit der Zeit das Augenlicht des Anwenders kostet, was Itachi verhindern will, indem er Sasukes Augen übernimmt.

Die meisten Mitglieder sind in Zweier-Teams organisiert, die jeweils aus zwei höchst unterschiedlichen Personen bestehen. Der ruhige Itachi Uchiha wird vom hitzköpfigen Kisame Hoshigake begleitet, dem religiösem Hidan steht der materialistische Kakuzu bei. Zudem herrscht zwischen den Mitgliedern Sasori und Deidara ein Disput über ihre Kampftechnik, die beide als Kunst titulieren. Die letzten Mitglieder sind Pains Partnerin Konan, Zetsu sowie der tollpatschig wirkende Tobi, der ebenso wie Sasuke und Itachi ein Sharingan hat und der von Pain und Itachi als Madara Uchiha bezeichnet wird.